Kinderen met het Prader-Willi syndroom zijn vaak klein voor hun leeftijd. Jongens hebben vaak een kleine penis en de zaadballen zijn meestal niet ingedaald. Bij meisjes zijn de schaamlippen weinig ontwikkeld. Bij slechts een kwart van de kinderen treedt de pubertijd op de normale leeftijd in. Soms blijft de pubertijd zelfs helemaal achterwege. Via hormoonbehandeling kan de normale lichamelijke ontwikkeling gestimuleerd worden. Bij sommige meisjes komt de menstruatie veel later of zelfs helemaal niet op gang. Dan kan hormoonsubstitutie met oestrogenen uitkomst bieden. Deze hormoontoediening werkt bovendien preventief ten aanzien van het optreden van osteoporose (botontkalking) en hartziekten op latere leeftijd. Bij jongens wordt een hormoonbehandeling met testosteron gegeven om de secundaire geslachtskenmerken tot ontwikkeling te brengen.